En su ”El libro que desapareció: ¿Qué sucedió en Budapest?”, Lars Berg, un colega de Wallenberg durante su tiempo en Budapest, describe el modo en que luego de un tiempo, personal militar soviético comenzó a interrogar a aquellos empleados localmente por Wallenberg, algunos de los cuales nunca fueron liberados. Se los interrogó con respecto a la acusación de espionaje y emisión de documentos de protección para fascistas de origen distinto al húngaro. Atrapado en una situación emocional y como amigo cercano de Wallenberg, Lars Berg podría haber exagerado la acción soviética. Sin embargo, continúa declarando que era imposible para la burocracia soviética comprender la razón por la cual un rico capitalista sueco como Wallenberg arriesgaría su vida para salvar a judíos húngaros. Por lo tanto se presumía que Wallenberg era un comandante espía alemán. También existían sospechas contra él de estar trabajando para la inteligencia militar estadounidense y británica. La sospecha de Stalin en contra de sus aliados de la Segunda Guerra Mundial estaba fuertemente arraigada para ese momento.
Con la excepción de Wallenberg y Langfelder, el único hombre que trabajaba en la Legación sueca que fue detenido y encarcelado en Moscú fue un hombre de habla rusa con orígenes noruegos que decía llamarse Thomsen. Más tarde se aclaró que este hombre en realidad había nacido en Rusia y que su verdadero nombre era Grossheim-Krisko. La parte rusa de un Grupo Conjunto sueco-ruso que trabajaba en el caso Wallenberg ha publicado interrogaciones de Grossheim-Krisko (o Thomsen). Durante uno de estos interrogatorios con fecha marzo de 1945, declara que la Legación sueca había emitido pasaportes de seguridad a personas que abandonaban el régimen soviético. También dice que capitalistas fascistas estaban bajo protección sueca. Cuando el interrogador le preguntó si Grossheim-Krisko vio las actividades suecas en Hungría como una posible amenaza para el Estado soviético, este había respondido afirmativamente, aunque no directamente acusando a Wallenberg. Incluso si los informes de interrogación son auténticos, uno debe evaluarlos con cuidado, considerando la naturaleza del Estado soviético durante aquella época. Pero la información brindada podría indicar lo que las autoridades soviéticas pensaban de Wallenberg. En el informe del Grupo de Trabajo sueco-ruso, se dan diferentes razones posibles para la detención de Wallenberg. Sin embargo, se debe recalcar que esta pregunta continua siendo incierta.
La explicación de la sospecha soviética de espionaje está en el informe basado en varias organizaciones que ayudaban a Wallenberg. Como se mencionó, la Agencia de Refugiados de Guerra formó la operación de Wallenberg en Budapest y fue financiada principalmente por el Comité de Distribución Conjunto Judío. Desde la perspectiva soviética, la Agencia de Refugiados de Guerra (WRB) y el Comité eran vistos como redes de resistencia, y consideradas casi como organizaciones de espionaje. La desconfianza hacia la WRB se puede entender en forma parcial, dado que esta creación estaba en cercana cooperación con la Inteligencia Militar Estadounidense, la Agencia de Servicios Estratégicos (OSS). Otra razón es que el representante de la OSS en Estocolmo, Ivar Olsen, llevaba cada mensaje de Washington a Wallenberg. Olsen era conocido por haber hecho contactos con agentes soviéticos en los Estados Bálticos. Los soviéticos sabían de la conexión entre Olsen y Wallenberg, lo que significa que podrían haber pensado que Wallenberg estaba en realidad trabajando para la OSS. Durante su detención, los rusos se llevaron las pertenencias de Wallenberg. Entre ellas estaba su agenda de bolsillo, que contenía información sobre posibles futuros planes de ayuda y proyectos de reconstrucción, involucrando a la población judía en Budapest. Estos planes deben haber sido sospechosos y no acordes con los planos soviéticos para el futuro de Budapest. Parece muy probable que los rusos pensaran que Wallenberg estaba preparando la creación de un centro de espionaje estadounidense contra la Unión Soviética, actuando bajo la fachada de una organización humanitaria. Los prisioneros compañeros de Wallenberg, Richer y Huber, han dicho que Wallenberg les dijo el modo en que el interrogador lo había acusado de espionaje. En el libro de Bernt Schiller ”¿Por qué los rusos se llevaron a Wallenberg?”, la principal tesis presentada sugiere que el Régimen soviético sosp echaba de una conspiración política entre las potencias occidentales y el gobierno nazi, con el objeto de derrumbar la Unión Soviética. Wallenberg, con sus contactos cercanos a alemanes nazis, como Adolf Eichmann, era sospechado, de acuerdo con Schiller, de formar parte de la conspiración. Los rusos podrían haber tenido esas sospechas pero no se presenta ninguna evidencia que indicara que la detención de Wallenberg era debido a esas sospechas.
Otra razón potencial podría obtenerse con respecto a Wallenberg como persona. Estaba representando a una de las familias industriales más ricas y prominentes de Europa. Un objetivo principal de la ideología marxista era crear una sociedad basada en una equitativa distribución del ingreso, pero la familia Wallenberg era y es un símbolo del capitalismo occidental. En la versión de 1951 de la enciclopedia soviética se señala que la familia Wallenberg era una partidaria activa del fascismo alemán y por lo tanto enemigos malévolos de la sociedad proletaria. Que Wallenberg fuera detenido por propósitos ideológicos, podría ser una razón parcial, pero sin embargo también hay que tomarla en consideración. Aunque esto podría ser contradicho por el hecho que la empresa propiedad de Wallenberg SKF distribuía rulemanes a la industria aeronáutica soviética. No sólo el apellido Wallenberg podría haber atraído el interés ruso. La guerra golpeó muy duramente a la Unión Soviética, y tenía una desesperante necesidad de recursos. Además, la corrupción de las burocracias soviéticas es infame. Indudablemente Raoul Wallenberg debe haber sabido sobre el saqueo de propiedades judías y otra información valuable e importante, de interés para los rusos.
La sugerencia anterior lleva a lo que Hans Magnusson encuentra como la razón más probable de la detención, ya que los rusos querían algo a cambio de Wallenberg. Él explica cómo una labor con prioridad en la política exterior soviética era retornar a los numerosos ciudadanos que se habían ido al exterior como consecuencia de la guerra. Magnusson continua, nuevamente, refiriéndose a los dos diplomáticos suizos, Feller y Meier, que fueron detenidos en el mismo momento que Wallenberg. Ellos fueron liberados en 1946 como resultado de negociaciones diplomáticas entre Suiza y la Unión Soviética, donde se acordó que Feller y Meier iban a ser cambiados por un grupo de ciudadanos soviéticos en Suiza. La similitud entre las circunstancias entre los dos ciudadanos suizos y Wallenberg, hace creer a Magnusson que también iba a ser utilizado como posible objeto de intercambio. Suecia albergaba a un grupo de cinco marineros soviéticos y 40 personas enfermas pertenecientes a personal militar, los cuales podrían haber interesado a los rusos. Aunque esto eleva la pregunta de porqué los rusos nunca propusieron el intercambio; Magnusson señala que no era una práctica soviética proponer intercambios directos, preferían dejarlo a la otra parte. Sin embargo Magnusson alega que los rusos tenían intenciones de llevar a cabo el intercambio. Sin embargo la intención no fue lo suficientemente clara, o los diplomáticos suecos no estaban lo suficiente alertas. El único diplomático sueco que entendía que las acciones soviéticas sugerían una intención de llevar adelante un intercambio era Barck-Holst, luego de una conversación con un funcionario soviético. Una explicación para la inacción sueca sería la creencia general en Suecia luego de la guerra, de que era que Wallenberg había sido trágicamente ejecutado en Budapest, poco después de su detención.
En el informe del Grupo de Trabajo sueco-ruso, surgen algunas razones, más especulativas en naturaleza. Una de estas tesis es que Wallenberg fue detenido para ser reclutarlo por el Servicio Secreto ruso. Intentos para reclutar prisioneros de guerra eran comunes, y esta hipótesis sobre la detención de Wallenberg, es popular entre los historiadores rusos, con conocimiento de los métodos de las agencias secretas rusas. En sus memorias, un antiguo jefe de la sección escandinava del SMERSH, Sinitsyn, ha escrito que le había pedido tanto a Abakumov y Molotov que entregaran a Wallenberg al PGU (espionaje extranjero) para reclutamiento. Otra posibilidad es que Wallenberg supiera sobre contactos rusos con la Alemania nazi y que su detención fuera un modo de librarse de Wallenberg y sus conocimientos. Estas posibilidades podrían ser especulativas con ninguna evidencia valiosa que las respalde, sin embargo deben ser consideradas.
