Cónsul de Japón en Kovno, Lituania, 1940
Sugihara emitió visas japonesas a miles de judíos polacos en Kovno (Kaunas), Lituania, entre el 27 de julio y el 28 de 1940. Solicitó y obtuvo de los oficiales soviéticos una extensión para permanecer en Kovno por 20 días adicionales. Incluso emitió visas mientras su tren partía de Kovno hacia su próxima asignatura. Emitió visas en contra de las órdenes expresas de su gobierno. Esto les permitió a los refugiados escapar de Kobe, Japón. Desde ese lugar, muchos pudieron escapar a los Estados Unidos, Canadá, Sudamérica, Australia y Palestina. Alrededor de 1.000 refugiados sobrevivieron a la guerra en Shanghai, China. En 1947, fue obligado a renunciar al servicio diplomático japonés. Siempre creyó que esto se debió a sus acciones en Lituania.
